序号 | 机构名称 | 机构 负责人 | 挂靠单位 | 成立时间 | 机构成员 |
| 1 | 泉州学研究所 | 陈桂炳 | 政社学院 | 1996.5 | 陈桂炳、苏黎明、陈名实、林振礼、耿喜波、丁玲玲、曹显征、洪荣文、刘文波、刘新慧 |
| 2 | 经济学研究所 | 陈俊明 | 政社学院 | 2000.11 | 陈俊明、郑文谦、陈建宁、吴子强、柯映红、温章林、许旭红、黄身发、李细满、戴瑞娇、卢志渊、洪志生 |
| 3 | 科学社会主义研究所 | 刘玉生 | 政社学院 | 2002.1 | 刘玉生、方传安、张俺元、颜贻极、张玉霞、王丽、杜振汉、古小军、吴彩强、张超、颜雅英 |
| 4 | 文艺学研究所 | 戴冠青 | 文传学院 | 2002.1 | 戴冠青、张同庆、高松、黄鸿琼、李榕城、陈钊、林振宇 |
| 5 | 汉语言文字学研究所 | 赵宗乙 | 文传学院 | 2002.12 | 赵宗乙、林华东、谢英、王勇卫、林方明、蔡育红、杨秋生、李凤吟、王曦、陈燕玲、吕晓玲、张虹 |
| 6 | 辞赋研究所 | 于浴贤 | 文传学院 | 2004.8 | 于浴贤、王秀春、郑小雅、郑亚芳、郭丽平、颜莉莉 |
| 7 | 中国散文研究所 | 黄科安 | 文传学院 | 2004.8 | 黄科安、阮礼义、樊保玲、焦兰周、邱晓明 |
| 8 | 新闻研究所 | 曾焕鹏 | 文传学院 | 2004.8 | 曾焕鹏、戴朝阳、张灿荣、李玉秀、谢铭钊、马晓丽、郭泽青、伊强、王美清、郑剑辉、张文心 |
| 9 | 比较文学与世界文学研究所 | 陈雅谦 | 文传学院 | 2005 | 陈雅谦、林文琛、吴春兰、李莉、林栋梁 |
| 10 | 女性研究所 | 赵秦莲 | 政社学院 | 2005 | 赵秦莲、王秀华、付云、陈安玲、徐莉 |
| 11 | 当代马克思主义研究所 | 钱立洁 | 政社学院 | 2005 | 钱立洁、杨丽娟、王桂强、朱云平、李逢周、曾珍宝、吴凤梅、郑云斌、王学峰 |
| 12 | 美学研究所 | 索松华 | 文传学院 | 2006 | 索松华、伊强、倪金华、毕武胜、刘永禧 |
| 13 | 生物化学与分子生物学研究所 | 谢进金 | 化生学院 | 2005 | 谢进金、戴聪杰、陈细香、谢宪兵、柯佳颖 |
| 14 | 化生学院组培中心 | 桑庆亮 | 化生学院 | 2005 | 桑庆亮、黄周英、王芳、陈怀宇、许延宗 |
| 15 | 高分子材料研究所 | 瞿波 | 化生学院 | 2006 | 瞿波、许淼清、胡东红、刘小英、肖春妹、林晓敏 |
| 16 | 分离科学研究所 | 潘仲巍 | 化生学院 | 2006 | 潘仲巍、蔡英卿、李国清、黄妙龄、曾宏、李文杰、郑志福、翁文婷 |
| 17 | 配位化学研究所 | 贤景春 | 化生学院 | 2006 | 贤景春、解庆范、施晶莹、王玲玲、陈谊崧、郭佳莉 |
| 18 | 资源植物与生态研究所 | 蔡建秀 | 化生学院 | 2006 | 蔡建秀、吴文杰、杨槟煌、吴政声、葛清秀、郑端生 |
| 19 | 表面技术研究所 | 尹国光 | 化生学院 | 2006 | 尹国光、许锦泉、柯跃前、张英武、高剑虹、黄福彬、刘先华、庄国清、刘素玲、林毅强、曾启超、姚永增 |
| 20 | 环境科学研究所 | 袁建军 | 化生学院 | 2002.1 | 袁建军、李裕红、许婉芳、谢嘉华、陈楷翰、陈延民、陈一萍 |
| 21 | 药物化学研究所 | 吴 洪 | 化生学院 | 2007.11 | 谢晓兰、陈楷翰、高平章、吕凤娇、陈梅妹 |
| 22 | 功能材料研究所 | 张治国 | 物信学院 | 2002.1 | 张治国、林比宏、洪清泉、杨惠山、王锋、潘玉灼、郑世燕、李淑芬 |
| 23 | 数学研究所 | 魏献祝 | 数计学院 | 2002.1 | 魏献祝、吴泽民、张锦川、张福阁、张建成、许清海、王平华、陈明玉、李志伟、林冠军、陈世平、张纪平、陈育明、杨昔阳 |
| 24 | 计算机科学与技术研究所 | 曾玉珠 | 数计学院 | 2002.12 | 姜德森、黄晗、武存江、曾玉珠、陈丹、朱达欣、曾台盛、叶宇光、蔡丹琳、王荣海、郭淼霞、刘孝锋、廖作斌、高大利、袁怡圃、罗仙仙 |
| 25 | 电子商务研究所 | 欧阳钟辉 | 工商学院 | 2004.8 | 欧阳钟辉、王汉斌、翁东东、马瑾玉、雷勇、王文福、苏金泷、郭建宏、李春鹏、杨志丹、王茵茵、洪文昌 |
| 26 | 闽东南经济研究所 | 汪威毅 | 工商学院 | 2006 | 汪威毅、吕振奎、杨艳龙、吴华明、王建福、刘义圣 |
| 27 | 创业发展研究中心 | 欧阳钟辉 | 工商学院 | 2008.7 | |
| 28 | 应用心理学研究所 | 崔建华 | 教育科学学院 | 2006 | 崔建华、杨文兵、林永乐、王海双、黄晋一、陈惠津、许松芽、陈秀丽、王海荣 |
| 29 | 教育科学研究所 | 齐运方 | 教育科学学院 | 1999.5 | 齐运方、陈笃彬、万建明、李尚生、苏明强、苏朝进、吴忠良、黄晓冬、毕武胜、葛清秀、程广文、曾雅茹、叶增编、陈秋燕、尤白茹、姜伏莲 |
| 30 | 旅游研究所 | 郑伟民 | 资环学院 | 2000.11 | 郑伟民、李子蓉、傅孙萍、郭丽妮、陈均亮、苏建云、李蕊蕊、马艳、梁美霞、赵伟、杨琳珩、赵益民 |
| 31 | 高等职业技术教育研究所 | 林金良 | 高职学院 | 2004.8 | 林金良、黄昆民、洪炳生、柯荣钦、潘良斌、粘忠友、苏瑞典、叶锦龙、洪少辉、李万祥、黄东昱、黄志军、林小龙、洪少春、陈忠、叶天竹 |
| 32 | 泉州民间艺术研究所 | 黄坚 | 艺术学院 | 2005 | 黄坚、王珊、王丹丹、黄文中、陈晓萍、吴秋红、李寄萍、卫军、薛和、蔡永辉、杨丽芳、白志艺、陈敏红、马晓霓、孙宏图 |
| 33 | 湿地研究所 | 李裕红 | 化生学院 | 2010 | 李裕红、吴文林、吴世军、钱莲文、黄初龙、郑瑞生、黄晓东、柯佳颖、陈延民、蔡立哲、韩维栋、濮培民 |
科研处